Michael Scofield, a befutott építészmérnök sikeresen bejut a börtönbe, és bátyjával, Lincolnnal is felveszi a kapcsolatot.

Ám terve bajba kerül, mikor a börtön orvosa, Dr. Sara Tancredi gyanakodni kezd, hogy Michael nem is cukorbeteg. Ezért a helyi beszerzőhöz fordul egy inzulin-blokkoló gyógyszerért.

Ráadásul Michael kénytelen megkérni Veronica Donovant, hogy segítsen neki kideríteni az igazságot Lincoln ügyében. Veronica ugyan nem hisz az ártatlanságában, de eleget tesz a kérésnek és nekilát az ügy felgöngyölítésének...

(2006. augusztus 23., szerda, 21:00)

A szökés - Lázadás

Michael tovább szövögeti szökési terveit. Lincoln váltig állítja, hogy ártatlan, és bár Veronica nem hisz neki, egy videokazetta képei miatt mégis úgy dönt, újra átvizsgálja az esetet.
A titkosszolgálat sem tétlenkedik, mindenkit elővesznek, akinek bármilyen köze is van az ügyhöz. A börtönben lázadás tör ki, és az egyik rab halálát Michael nyakába varrják. Többen megfenyegetik, míg a másik oldalról hallgatása elismeréséül megkapja a gyógyszert, ami biztosítja számára, hogy továbbra is feljárhasson inzulin-injekciókra az orvosiba. (2006. augusztus 30., szerda, 21.10) A szökés - Álmatlanul Michael nem hajlandó elárulni Abruzzinak, hogy hol bujkál Fibonacci, ezért a megcsonkítják a lábát. Veronica kifaggatja a hölgyet, aki bizonyíthatná Burrows ártatlanságát. A nő azonban retteg, biztos benne, hogy követik, s ha beszél, megölik. Michael próbára teszi Sucrét, aki ugyan kiállja a próbát, de mikor meghallja a szökés tervét, megijed és átkéreti magát egy másik cellába. Michael új társat kap, aki pszichopata, ráadásul alvászavarral küszködik... (2006. szeptember 06., szerda, 21.15) A szökés - Édes méreg Michael megszabadul új cellatársától, és Sucre visszatér mellé. És mert annak barátnője el akarja hagyni, ő is részt vesz a szökésben. Veronica felkeresi a Második Igazság nevű irodát, hogy segítséget kérjen Lincoln ügyének újratárgyalásához, ám elutasítják. Igaz, később az egyik munkatársuk mellé szegődik, hogy segítsen a nőnek. Michael és Sucre áttöri a cella falát, így megnyílik az út az orvosi felé, ahonnan a tényleges szökés elkezdődhet. (2006. szeptember 13., szerda, 21.15) A szökés - Öld meg Lincolnt! Michael tovább szövögeti a tervét. Ezúttal azt akarja megtudni, melyik útvonalon hagyhatják el a börtön környékét, ha átjutottak a tetőn. A börtönigazgatót közben megzsarolják, hogy helyeztesse át Michaelt, aki emiatt benyújt egy kérvényt. Ám ennek az elbírálása hónapokig tart, így Michaelt addig nem vihetik sehova. A háttérben manipuláló hölgy ezek után újabb lépést tesz. Ügynökeit azzal bízza meg, hogy öljék meg Lincolnt még a kivégzés előtt… (2006. szeptember 20., szerda, 21:15) A szökés - Zendülők és falfúrók Időszűkében Michael és Sucre azt találja ki, hogy lázadást szítanak, a részlegüket karantén alá veszik és így lesz elég idejük befejezni a munkát. A cél most átfúrni azt a falat, amin keresztül bejuthatnak a börtön régi csatornarendszerébe, onnan pedig az orvosiba. A lázadás azonban elfajul, és néhány rab kijut a cella-blokkból. Ráadásul a zavargások közepette többen is felfedezik a lyukat, melyen keresztül Michaelék szökni akarnak. Veronica és Nick kiderítik, hogy aki a gyilkosság estéjén riasztotta a rendőrséget, nem láthatta Lincolnt abban az időben a helyszínen, hiszen a hívás Washingtonból jött.  Licoln ellen felbérelnek egy rabot, hogy ölje meg a zavargások közepette. (2006. szeptember 27., szerda, 21.15)